投标人串标保证金可能会没收，首先串标是一种违法行为，故此串标保证金就是一种违法收入。如果后期司法机关确定串标各方的行为触犯了刑事法律的规定而予以量刑，那么此种违法所得极有可能会被没收，也即串标保证金可能会被没收。下列任何情况发生时，投标保证金将被没收：(1)投标人在投标函格式中规定的投标有效期内撤回其投标；(2)中标人在规定期限内未能根据规定签订合同；或根据规定接受对错误的修正，或者是未能根据规定提交履约保证金。(3)投标人采用不正当的手段骗取中标。

一、串标行为有哪些危害

1、串标直接伤害了其它投标人的合法权益。实质上是一种无序竞争、恶意竞争行为，它扰乱了正常的招投标秩序，妨碍了竞争机制应有功能的充分发挥，往往使中标结果在很大程度上操纵在少数几家企业手中，而使有优势、有实力中标的潜在中标人拒之门外。破坏了建设市场的正常管理和诚信环境，严重影响到招标投标的公正性和严肃性，伤害了大多数投标人的利益。

2、当无标底或复合标底招标而又不采取量低价中标时，串标常常会导致中标价超出正常范围，从而加大招标人的成本。因为参与串标的企业一般会有某种形式的利益分成，这就会使他们操纵的标价超出了合理低价范围。

3、参与串标的企业往往诚信度不高，也不大重视企业的内部管理。由于赌博心理占了上风，它们编制的投标文件着眼点仅仅放在价格上，对施工方案不认真研究，无合理应对措施，即使中标，也不大可能认真组织项目实施，对工程建设留下隐患。

二、投标保证金的作用

1、对投标人的投标行为产生约束作用。保证招标投标活动的严肃性。

2、在特殊情况下，可以弥补招标人的损失。投标保证金不得超过项目估算价的百分之二。投标保证金有效期应当与投标有效期一致。

3、从一个侧面反映和考察投标人的实力。